Markus Hartner erhielt an der Musikschule in Krieglach bei Rudolf Zangl erster Hornunterricht. Studien bei Robert Freund an der Universität für Musik und darstellende Kunst Graz und bei Roland Berger an Universität für Musik und darstellende Kunst Wien schlossen sich an. Seine Diplomprüfungen absolvierte er mit ausgezeichnetem Erfolg. Künstlerische Weiterbildungen und Meisterkurse besuchte er unter anderem bei Peter Damm, Erich Penzel und Hector McDonald. Zwischen 1995 und 1998 erfüllte Markus Hartner Zeitverträge an der Wiener Volksoper und bei den Wiener Symphonikern, seit 2000 ist er im Tonkünstler-Orchester Niederösterreich engagiert. Neben seiner Orchestertätigkeit beschäftigt er sich intensiv mit dem Naturhorn und mit Alter und zeitgenössischer Musik und wirkt in Ensembles wie der Wiener Akademie und beim Klangforum Wien mit. Kammermusikalische Tätigkeiten übt er im In- und Ausland mit dem Collegium Viennense, den Kammertonkünstlern und dem Ensemble Vienna Horns aus, auch mit dem Bläserseptett Mnozil Brass trat er auf. In zahlreichen Konzerten, bei Tourneen und Aufnahmen musizierte er mit Klangkörpern wie der Haydn Philharmonie, dem Orchester der Wiener Volksoper, dem Wiener Kammerorchester, dem ORF Radio-Symphonieorchester Wien, den Wiener Symphonikern und den Wiener Philharmonikern. Tourneen führten ihn quer durch Europa, Asien, Australien, Nord- und Südamerika. Dabei arbeitete Markus Hartner mit Dirigenten wie Zubin Metha, Christian Thielemann, Nikolaus Harnouncourt, Georges Prêtre, Franz Welser-Möst, Andris Nelsons und Gustavo Dudamel zusammen.