Johannes Knauer wurde in Tirol geboren. Sein Studium der Instrumental- und Gesangspädagogik am Tiroler Landeskonservatorium schloss er mit Auszeichnung ab. Danach setzte er seine Kontrabass-Studien bis 2012 bei Alois Posch an der Universität für Musik und darstellende Kunst Wien fort. Seit 2011 ist Johannes Knauer als Kontrabassist im Tonkünstler-Orchester Niederösterreich engagiert.

Während seiner Studienzeit war er Mitglied im Wiener Jeunesse Orchester und wirkte im Orchester der Wiener Staatsoper mit. Weiters spielte er regelmäßig im Tiroler Symphonieorchester Innsbruck und ging mit dem Kammerorchester Basel auf Tourneen. Er ist Mitglied der Soundartists, einem Kammermusikensemble, das aus Mitgliedern des Tonkünstler-Orchesters besteht und sich hauptsächlich groß besetzten kammermusikalischen Werken widmet. Mit Matthias Schorn, Soloklarinettist der Wiener Philharmoniker, war Johannes Knauer mehrmals zu Gast bei den Festspielen Mecklenburg-Vorpommern, bei den Niedersächsischen Musiktagen und beim PalmKlang Festival in Oberalm, Salzburger Land. Mit dem Ensemble Die Österreichischen Bläsersolisten gastierte er bei den Internationalen Aflenzer Kulturspitzen.